Dalam masa pemerintahannya, banyak juga yang tidak suka dengan kepemimpinan Bung Karno dan bahkan banyak yang ingin membunuh beliau. Beliau pernah mengalami percobaan pembunuhan selama masa pemerintahannya, dan dari semua percobaan pembunuhan tersebut, Bung Karno selamat; bahkan dipercaya bahwa Bung Karno selamat dikarenakan mempunyai kekuatan gaib tersebut. Berikut ini ulasannya :
1. Peristiwa Granat Cikini
Pada tanggal 30 November 1957, Presiden Soekarno datang ke Perguruan Cikini (Percik), tempat bersekolah putra-putrinya dalam rangka perayaan ulang tahun ke-15 Percik. Guntur dan Megawati adalah murid SD Yayasan Perguruan Cikini. Bung Karno sempat meninjau berkeliling sekitar 25 menit, dan kemudian Granat tiba-tiba meledak di tengah pesta penyambutan presiden. Sembilan orang tewas, 100 orang terluka, termasuk pengawal presiden. Soekarno sendiri beserta putra-putrinya selamat.
Para pelakunya Juyuf Ismail, Saadon bin Mohammad, Tasrif bin Husein, dan Moh Tasin bin Abubakar berhasil dibekuk dan di hadapkan ke pengadilan militer. Mereka di jatuhi hukuman mati pada 28 April 1958. Pelaku merupakan perantauan dari Bima yang dituduh sebagai antek teror gerakan DI/TII.
2. Penembakan Istana Presiden oleh Pilot Daniel Maukar
Pada tanggal 9 Maret 1960,Tepat di siang hari; Istana presiden dihentakkan oleh ledakan yang berasal dari tembakan canon 23 mm dari pesawat Mig-17 yang dipiloti oleh Daniel Maukar. Maukar adalah Letnan AU yang telah dipengaruhi Permesta.
Bom yang dijatuhkan Maukar menghantam pilar dan salah satunya jatuh tak jauh dari meja kerja Soekarno. Tetapi Soekarno tidak berada disana, beliau tengah memimpin rapat di gedung sebelah Istana Presiden. (Maukar sendiri membantah ia mencoba membunuh Soekarno. Aksinya hanya sekadar peringatan. Sebelum menembak Istana Presiden, dia sudah memastikan tak melihat bendera kuning dikibarkan di Istana – tanda presiden ada di Istana).
Kemudian Pilot pesawat itu mendaratkan pesawatnya di persawahan daerah garut karena kehabisan bahan bakar. Ia kemudian ditangkap dan dijatuhi hukuman mati, tetapi sebelum sempat menjalani hukumannya, Bung Karno mengumumkan amnesti umum terhadap PRRI/Permesta yang pernah memberontak. Maukar yang termasuk unsur PRRI/Permesta, langsung dibebaskan.
3. Peristiwa Granat Makassar
Pada tanggal 7 Januari 1962, Presiden Soekarno tengah berada di Makassar. Malam itu, ia akan menghadiri acara di Gedung Olahraga Mattoangin. Ketika itulah, saat melewati jalan Cendrawasih, seseorang melemparkan granat. Granat itu meleset, jatuh mengenai mobil lain sehingga Bung Karno selamat. Pelakunya yang bernama Serma Marcus Latuperissa dan Ida Bagus Surya Tenaya divonis hukuman mati.
4. Penembakan Mortir Kahar Muzakar
Peristiwa ini terjadi pada tahun 1960-an. Ketika itu Presiden Soekarno dalam kunjungan kerja ke Sulawesi. Saat berada dalam perjalanan keluar dari Lapangan Terbang Mandai, sebuah peluru mortir ditembakkan anak buah Kahar Muzakkar ke arah kendaraan Bung Karno, tetapi ternyata meleset jauh. Dan Soekarno sekali lagi, selamat.
5. Penembakan Idul Adha
Pada tanggal 14 Mei 1962, saat orang-orang mukmin termasuk Bung Karno sedang berjajar dalam shaf hendak melaksanakan Sholat Idul Adha dengan mengambil tempat di lapangan rumput antara Istana Merdeka dan Istana Negara, tiba-tiba terdengar tembakan pistol bertubi-tubi diarahkan kepada Bung Karno dari jarak 4 shaf dibelakangnya.
Ketika diperiksa, penembak mengaku melihat Bung Karno ada dua orang dan menjadi bingunglah ia hendak menembak yang mana. Tembakannya meleset tidak mengenai Bung Karno, sebaliknya menyerempet bahu Ketua DPR Zainul Arifin dari NU yang mengimami shalat. Pelaku tersebut divonis mati, tetapi ketika disodorkan kepada Bung Karno untuk membubuhkan tandatangan untuk dieksekusi, Bung Karno tidak sampai hati untuk merentangkan jalan menuju kematiannya.
Seorang kiai yang memimpin pesantren di daerah Bogor bernama H. Moh Bachrum, dituduh mengatur rencana tersebut dan memerintahkan melakukannya. Setelah meletus G30S, tempat tahanannya dipindahkan dari RTM ke penjara Salemba.
Sikap H. Moh Bachrum terhadap tahanan G30S lain sangat baik dan selama di Salemba, ia ditunjuk mengimami sholat berjamaah yang diikuti oleh semua tahanan yang beragama Islam yang diselenggarakan di lapangan penjara. Ia bebas lebih cepat daripada para tahanan G30S lainnya, karena dianggap berkelakuan baik.
6. Perjalanan dari Bogor ke Jakarta dalam satu iring-iringan.
Bung Karno melihat sendiri seorang laki-laki dengan gerak-gerik aneh seperti maling. Dan tiba-tiba saja melemparkan granat ke arah mobil Bung Karno.
6. Perjalanan dari Bogor ke Jakarta dalam satu iring-iringan.
Bung Karno melihat sendiri seorang laki-laki dengan gerak-gerik aneh seperti maling. Dan tiba-tiba saja melemparkan granat ke arah mobil Bung Karno.